影片講稿和文本無差異，但建議觀看影片，因為有圖有聲。
26 世紀初，人類發展的太空殖民技術已經相當成熟，甚至能從行星中冶鍊重金屬獲取珍貴資源。雖然無邊無際的黑暗太空偶爾會讓一些人無法適應，進而產生心理疾病，但因為這是一門十分賺錢的生意，所以仍然有不少掏金客加入其中，希望能大賺一筆。其中，神盾七號行星更是藏有超過一兆的的天然資源，這也讓開採公司嗅到商機，於是在此建立殖民地。
西元 2508 年，神盾七號行星因為不明的頻繁地震影響到殖民地的安定，於是派出三位殖民者前往震源調查，結果意外發現不明外星造物。但自從將這外觀奇特的石頭帶回殖民地後，不少居民開始出現異狀，輕則失眠、幻覺，重則暴力、殺人，讓當地的執法部門與醫療單位不堪負荷。另外，也有一些特殊信仰的人在外星文物前執行神祕的宗教儀式，認為神明要將他們帶往下一個階段。
負責裂解行星的大型採礦船：石村號，前往神盾七號行星執行開採任務，然而真實目的卻是回收外星文物。但在成功回收後，一連串的怪事陸陸續續發生在 1332 名船員身上，使的整艘船陷入一片混亂，毫無秩序可言，保全人員也疲於奔命。隸屬於石村號保全部門的艾莉莎．文森特指揮官，經過一番血戰後仍然無法扭轉劣勢，於是在錄好遺言後發射求救訊號，希望有人能來幫助孤立無援的船員。
必須摧毀石村號和外星造物……
──艾莉莎．文森特 保全部門指揮官
由於石村號遇難，和諧開採公司於是派出凱里昂號前往維修。負責此行維修任務的工程師：艾薩克，看著女友妮可發過來的最後訊息，暗暗祈禱在石村號上的她務必平安無事。同行的技師：丹尼爾斯，從背後拍了拍艾薩克，說等等就能見到女友了，卻還在不斷重複播放她寄來的影片。脫離躍遷空間後，兼任保全人員與凱里昂號指揮官的哈蒙德，看著死氣沉沉、毫無生機的石村號，指示部下準備登艦。然而因登船程序出差錯，導致凱里昂號嚴重毀損，差點要了他們的命。
強斯頓的腳踝骨折，哈蒙德讓她留守凱里昂號。一行人下船，發現石村號竟然沒有半個人影，而且根據等候室大大小小的行李來判斷，大家似乎走得很匆忙。就在艾薩克去另一邊的房間查看安全控制台時，等候室的燈光忽然變暗，通風管道裡有生物爬行的聲音……陳下士被跳下來的怪物從後面襲擊，當場死亡。丹尼爾斯趕緊打開被鎖住的門，手無寸鐵的艾薩克只能拔腿狂奔，往電梯的方向逃，差點被怪物逮到。
驚魂未定的艾薩克出了電梯後，從桌子上拿起電漿切割器。雖然這只是採礦設備，不過仍然可以有效切割生物──何況眼下沒有其他武器，只能湊合著用。結果意外發現，切斷怪物的四肢能延緩怪物進攻的速度並有效擊殺。解決怪物後，艾薩克看到了軌道對面的哈蒙德跟丹尼爾斯，他們傳來影像訊息，說為了搞清楚石村號到底發生什麼事，打算前往艦橋找資料。不過因為電車系統故障，所以無法移動，只好讓艾薩克前去修理。哈蒙德還承諾只要互相幫助，就會幫忙尋找妮可的下落。
目前通訊一團亂，也不知道妮可的生死，更重要的是他們得逃離這艘船，艾薩克只好前往維修區處理。在使用靜能模組後，裝載夾成功抓穩堵住隧道的壞掉電車，將其拖離鐵軌，電車系統總算能正常運作。替哈蒙德叫來電車後，他要艾薩克先回去修理凱里昂號並預熱引擎準備起飛，好在他們搜集完資料後就能快速離開石村號。
不料，艾薩克在與強斯頓會合後，屍變體群起攻擊凱里昂號的奇點核心，唯一的逃生機會就這樣陷入火海，強斯頓也被炸死……艾薩克看著熊熊燃燒的凱里昂號，不免情緒低落。另一邊，哈蒙德正苦惱無法讀取艦橋的資料，丹尼爾斯則說他們需要艦長的授權才能登錄電腦。一查，發現死去的艦長位在醫務室的太平間，哈蒙德於是替艾薩克叫來電車，要他前去取得艦長的資源整合裝置。話才剛說完，他們遭到突變後的陳下士攻擊，兩人被迫分開，各自逃難。
艾薩克從斷氣的保全官員手裡取得脈衝步槍，使用動能模組移開路上的障礙物，前往醫務室。由於醫務室的停屍間是爆發事故的初始地點，當時石村號上的倖存者為了阻止屍變體，於是用層層疊疊的金屬製品堵住門口，然而這也讓艾薩克得先想辦法清空阻礙才能進入。艾薩克心生一計，在醫務甲板分別找到聯氨槽跟電擊片，製作出簡易的燃燒裝置，在路障燒出一個大洞後總算進入醫務室。好不容易找到艦長的屍體，卻忽然被外型像魟魚的感染者強行轉變成屍變體……殺掉變異的艦長後，艾薩克取得授權，哈蒙德也從艦長瞭望台如願進入鎖住的電腦，開始搜尋。
整個醫務甲板都沒有看到妮可的蹤影，艾薩克帶著失望的心情往飛行甲板邁進。哈蒙德說因為石村號的引擎離線，導致艦船被四兆公噸的岩石拉住，再不打開引擎調整航道他們就會墜毀在星球上。艾薩克透過飛行甲板的貨物電梯來到了輪機室，診斷報告顯示石村號的燃料耗盡、離心機也離線，但幸好問題不是很大，艾薩克自己就能處理。替艦船加油時，丹尼爾斯來訊，表示正安全地待在電腦核心區，可以從原地幫助艾薩克取得一些操作權限。三人雖然各自為戰，但同樣為了活下去而互相幫助。
連接發動模組後，巨大的離心機開始旋轉，石村號總算駛入同步軌道。這時，丹尼爾斯破解加密檔案，發現石村號來此的目的並不單純……紀錄顯示，統一教指示同樣是信徒的石村號艦長前來回收外星文物：神印。然而在殖民地發生的種種異常，也在石村號上逐漸蔓延……屍體死而復生，變成屍變體攻擊人類，導致整艘艦船淪陷。前來幫助的艾薩克一行人渾然不覺，在毫無準備的情況下就這樣踏入死亡陷阱。丹尼爾斯也懷疑採礦公司派哈蒙德來石村號的動機並不單純，認為他早已知道神印一事。不過哈蒙德表示自己是清白的，兩人為此發生爭執。
一波未平一波又起，艦船的行星防禦系統加農炮下線，如果無法即時開啟，石村號將會被正在飛來的無數岩石撞毀。艾薩克前往艦長瞭望台與哈蒙德會合，並看見被困在 47 號逃生艙裡的陳……雖然哈蒙德認為總有辦法幫助變異後的部下，但艾薩克認為陳已經不在了，他這才下定決心，發射逃生艙。哈蒙德再次向艾薩克重申自己只是採礦公司的小職員，完全不知道神印的事，跟大家一樣以為這只是一趟單純的維修任務。不過現在這些都小事，重點得快點修好行星防禦加農炮。
艾薩克親自跑到艦船外，先使用手動瞄準模式摧毀來犯的岩石，加農炮在獲得足夠的瞄準資料後順利轉成自動瞄準模式。回到艦船裡，丹尼爾斯攔截到一則從醫務室傳來的通訊──是妮可，她還活著！而且正在召集倖存者。艾薩克馬不停蹄地返回醫務室──結果發現是個幌子，反被不懷好意、信仰統一教的莫瑟醫生使用靜能模組凍住。莫瑟醫生認為他的死能讓神印繼續執行「大融合」，於是放出親手創造的屍變體：獵捕者，要置艾薩克於死地。艾薩克發現不管怎麼肢解，獵捕者就是有辦法再生，於是他逃到低溫實驗室，使用低溫休眠艙瞬間凍住獵捕者，解決大危機。
此時，丹尼爾斯發現全船的空氣品質正在下降，發現有東西正在毒化水耕室。如果不趕快處理，他們很快就沒有新鮮空氣可以吸了。越靠近水耕室，艾薩克越能聞到腐爛的味道。使用設備合成能分解毒氣的酵素後，艾薩克忽然收到了專責水耕室的科學家：克洛絲的訊息。克洛絲說食物倉庫被不斷排出毒氣的利維坦佔據，只有用艾薩克剛剛合成的特殊酵素才能幹掉利維坦。但因為利維坦過於危險，克洛絲說還有另外一個方法能解決，那就是殺死與利維坦有連結、在水耕室各個角落持續排放毒氣的氣喘者；只要殺死氣喘者，就能弱化利維坦，屆時再打開氣閘把它排到外太空，就能一勞永逸地解決毒氣危機。
艾薩克跑遍水耕室，親手將酵素一一注射到氣喘者體內，了結他們的痛苦，並且重重打擊利維坦。但狡猾的利維坦卻死賴著不走，艾薩克只好拿起武器與之正面對決，有驚無險地把利維坦扔出太空。克洛絲說他的男友：坦普爾，當時與一些倖存者待在開採甲板建造求救訊號台，但現在卻沒了消息。為了逃出生天，前往開採甲板確認情況也不是壞事，於是艾薩克前往開採甲板。這時，哈蒙德人在船員甲板的通風管裡，看見統一教徒正在舉行殘忍的血祭……在這種混亂的狀況下，這些虔誠的教徒仍然謹守教義，奉獻自己的肉體，只為昇華到更高的境界。
路上，艾薩克注意到坦普爾留下的訊息，熱心助人的他打算前往救援莫瑟醫生──殊不知正走入對方設下的陷阱。期間，艾薩克與女友妮可終於重聚，在她的幫助下順利取得求救訊號台後，艾薩克來到艦船外面，將求救訊號台安裝在岩石上，隨後前往開採控制室啟動發射管，將求救訊號發射到深遠的太空裡，希望有人能聽到他們的呼救。
幸運的是，勇氣號軍艦收到了求救訊號，正在前往救援的路上──艾薩克一行人總算能逃離了！正當他們鬆了一口氣時，勇氣號的指揮官傳來訊息，表示他們找到了 47 號逃生艙，但他們並不知道那裡面裝的是變異後的陳！丹尼爾斯想要聯絡勇氣號時，發現訊號不夠強，無法傳出訊息。艾薩克只好前去部署遠程天線，結果發現本該被排出的利維坦，正死死抓住通訊陣列。
錯過這次的救援機會，他們必死無疑。艾薩克絕不放棄希望，於是來到艦船外使用加農炮，費了九牛二虎之力總算打下利維坦，終於聯絡上勇氣號。孰料，變異後的陳在船上大開殺戒，勇氣號受損嚴重，直直撞向石村號。眼看唯一的希望就這樣破滅，一股無力感襲向艾薩克……不過哈蒙德這時候傳來好消息，他發現船員甲板有艘全新的行政級運輸船，只不過沒有奇點核心，無法進行空間跳躍。艾薩克認為反正勇氣號也用不到奇點核心，只要從軍艦那邊把核心轉移到運輸船，仍然有辦法逃離石村號。哈蒙德穿上太空服，與艾薩克一同前往勇氣號尋找奇點核心。
現在勇氣號上爬滿了屍變體，兩人舉槍戒備，小心翼翼地行動。由於勇氣號上的軍人都有裝備靜能模組，但死掉後受到神印的轉化影響，靜能模組竟然離奇逆轉，反而變成加速，讓屍變體的動作更快、更難對付。哈蒙德找到勇氣號的作戰報告，上頭顯示勇氣號早已被告知石村號載有神印，因此他們前來的唯一目的，就是使用核彈將石村號摧毀殆盡……打從一開始就不存在救援這個選項，只有無情殲滅。
雖然情勢很絕望，但唯有拿到奇點核心，才能逆轉頹勢。艾薩克和哈蒙德在引擎室碰面，結果變成屍變體的陳忽然跳下來攻擊哈蒙德。哈蒙德這才意識到，他認識的那個陳早已不在了──現在該做的事情只有一個。哈蒙德在死前拚盡最後一口氣，推著陳一起撞向奇點核心，同歸於盡。而艾薩克……則拿著沾滿鮮血的奇點核心，在勇氣號爆炸前連滾帶爬地逃回石村號。凱里昂號的倖存者，只剩艾薩克跟丹尼爾斯了。
艾薩克設法前往行政級運輸船所在的船員甲板，途中經過統一教的「洗禮」現場，令人不寒而慄。他在中心地區看到了神印，還有瘋狂的莫瑟醫生，以及被靜能模組控制住行動、反抗不成的坦普爾。即使莫瑟醫生利用了坦普爾，神印的大融合依然毫無進展，而且坦普爾還試圖阻止，因此莫瑟醫生冷血地朝他的頭部開槍，讓他受盡折磨地緩慢死去。艾薩克只能在旁看著，毫無辦法，隨後又遭到捕獵者追殺。
艾薩克邊打邊撤，甩開了捕獵者，中途遇到凱恩博士。凱恩博士向艾薩克說明，他們必須把神印放回神盾七號行星，因為當殖民者找到並轉移神印時，無意間喚醒了巨大無比的「蜂巢意識」。蜂巢意識簡單來說就是指揮中心，透過心電感應控制屍變體的行動。然而只要將神印物歸原主，就能讓蜂巢意識再度沉睡，也就不會再危害人類。
為了不要繼續放任屍變體濫殺無辜，艾薩克同意與凱恩博士合作。但就在將奇點核心安裝完畢時，不死心的獵捕者再次出現，勢要消滅人類。艾薩克突發奇想，將捕獵者困在飛船的後燃器處，然後點火──高溫瞬間融化了難纏的捕獵者。莫瑟醫生在看到自己的精心作品被毀後咒罵了艾薩克，隨後被觸手連同神印一起帶下去機庫區，過程中被活活壓死。
凱恩博士將運輸船開往機庫，飛到一半時去接丹尼爾斯，將她帶上船。艾薩克協助將神印運上船。一切準備就緒後，凱恩博士在入口處等待艾薩克的到來──忽然腹部中彈，倒在血泊中……丹尼爾斯則不等艾薩克上船，直接載著神印飛離石村號。艾薩克怒吼著為什麼要這麼做，丹尼爾斯這才說明事情的始末：
地球政府派丹尼爾斯來收拾他們在幾百年前留下的爛攤子。原來政府早在很久以前就發現降落地球的黑色原始神印，隨後著手研究，複製出紅色神印，並將神盾七號行星作為大型實驗場，結果下場很慘，因此封閉了整顆星球──直到開採公司前來挖礦，才暴露整起事件。丹尼爾斯之前懷疑哈蒙德知道神印一事也是演出來的，為的就是不讓大家懷疑她來石村號的真實目的。被留在石村號的艾薩克憤怒至極，忽然間收到妮可傳來的訊息，說現在還不遲，因為她能從飛行控制台遠端召回運輸船。
丹尼爾斯發現飛船不受控制，於是啟動緊急逃生艙，逃往聖盾七號行星。艾薩克與妮可搭上船，降落到行星地表。不過石村號的重力繫繩已經撐不了多久，他們得趕在大岩塊砸向地表前將神印送回可以放大訊號的台座，好阻止蜂巢意識繼續肆虐。當神印與台座合而為一之際，重力繫繩逐一失效，一些較小的岩塊高速襲來。艾薩克趕緊重啟重力繫繩，不料妮可卻被丹尼爾斯持槍抓住。
艾薩克要她放開妮可，但丹尼爾斯卻反問艾薩克他真的有看清楚局面嗎？她傳給艾薩克妮可的最後一段影像。原來，妮可在艾薩克來之前，就已在石村號上用空針將空氣注入自己體內……一直以來他以為是妮可在幫助他，實際上是克洛絲──而克洛絲以為自己在幫助坦普爾，實際上則是艾薩克。神印干擾他們的思緒，讓他們看見自己想見的人，殊不知對方早已死去……
兩人沉浸在悲痛中。丹尼爾斯想要分離神印與台座，命令克洛絲交出遙控器，但後者不從，被丹尼爾斯開槍擊斃。地球政府認為神印過於危險，必須讓它永遠消失──幾百年前已經掩蓋過它的蹤跡了，現在當然也能如法炮製。雖然已經沒有想要拯救的人了，但在岩石掉下來之前仍然有時間救自己，艾薩克冒著被砸死的風險往外跑，孰料蜂巢意識不願放過兩人──先用觸手重重壓死丹尼爾斯，然後露出巨大無比的頭，與艾薩克正面對決，非要親眼看見可惡的渺小人類死在面前。艾薩克拿出所有的武器與裝備，與蜂巢意識決一死戰。
最後，艾薩克殺死了蜂巢意識，讓牠永遠沉睡在神盾七號行星上。一切都結束了…..隨後跑向運輸船，抓緊時間逃離。
為什麼 EA 要取消《絕命異次元 4》？《絕命異次元：重製版》能重返往日榮耀嗎？
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