多半《女神轉生》系列的作品劇情架構都偏向灰暗色彩，甚至可能還相當沉重。本作也不例外，雖然沒有要面對已經毀滅的世界，但在那色彩鮮艷的背景中，卻是充滿了大人們的後悔。官方一開始就發出情報跟玩家說明了，本作我方角色除了主角「林檎」外，主要三人都是先死過一次，讓林檎復活的惡魔召喚師。
在科幻的背景下，因為頂尖科技而存在的頂級 AI「Aion」，默默觀望著整個世界的「Aion」注意到世界將在未來某一個時間點終結，為了阻止，「Aion」打造了兩個人型 AI「林檎」與「菲格」，派往人類世界，阻止世界毀滅，設定看來當然是沒什麼人類感情的兩位 AI 透過和人類的交流取得人性。但在過去報導也說過，兩位 AI 其實都蠻有自己的個性，所以重點反而是去觀察幾個同伴充滿悔恨的過去，以及如何重新站起的將來。
就這點來看，本作的劇情就是非常重視人物描寫，再加上本作呈現科幻色彩的美術多數時候都是「暗中帶亮」，黑暗的環境搭配充滿螢光的色彩，讓玩家能對主要角色留下很大的印象。也可以說本作除了遊戲本身外，魅力就是建立在特殊的世界觀，與從失敗中重新爬起的成人們的刻畫。
當然觀賞人物的互動也是遊戲劇情中的一個樂趣，主角「林檎」個性其實比想像中地還要樂觀輕浮，跟一般動漫畫作品所謂的 AI 人物截然不同。也常常會跟同伴開玩笑、嘲諷，意外地能屈能伸，可以說是過去相關系列中少見的女性角色。其次，主要角色之間生前不同陣營，甚至可能是敵對關係，也可以看到他們從利害關係的合作上，如何變成彼此信賴的同伴。
不算劇情本身，遊戲也準備了不少「交流要素」，例如約同伴一起去酒吧喝酒，劇情中也經常安排選項讓玩家代替林檎發言，依據選項提升不同角色的友好度。其次還有心靈迷宮，早早登場的三個夥伴的內心都各自構成一個迷宮，隨著友好度提升逐漸擴大，探索越深越能了解夥伴的過去跟想法，同時還能幫林檎跟夥伴學習新技能強化戰力。
因此就故事面來說，喜歡那種大人們從失敗中再次奮鬥的劇情的玩家就會相當中意。反過來說，遊戲系統就不能說特別搶眼了。迷宮探索部份是人物等身大的 3D 迷宮探索，玩家操作林檎在設計好的各種 3D 迷宮闖蕩，路程中隨機會遇到敵人，但僅是「遇到」，沒有實際接觸到代表敵人的圖像就不會進入戰鬥，玩家可以選擇無視或者搶先攻擊砍倒敵人再接觸以便戰鬥獲得優勢。
戰鬥基本可以說是最傳統的回合指令式角色扮演，我方角色先各自下指令行動完畢後再輪到敵方輪流行動，基本目的就是敵方全滅。當然與多數 Atlus 遊戲相同，屬性弱點佔有很重要的意義，《真 女神轉生 V》為例，就是遇到新敵人就試試各種屬性的攻擊手段，找出弱點屬性，透過擊中弱點讓我方角色再多一次行動機會，使給予傷害更上一層樓。《靈魂駭客 2》則略有不同，一樣戰鬥時要找出敵人的弱點屬性給予攻擊，當打中正確屬性時，就會召喚出惡魔待機，我方回合結束後就會發動「魔宴」，待機的惡魔會全體再攻擊一次，而且是無視屬性耐性的傷害，當然待機的惡魔越多，「魔宴」的傷害就越高。
魔宴的設計加快了戰鬥節奏，變成玩家在面對複數敵人時，不是思考能行動幾次，而是能否最有效率地全滅敵人，例如我方每個人都攻擊不同目標，把每個敵人都削一些血，最後靠魔宴一口氣掃蕩掉所有敵人。所以戰鬥面的思考就變得簡單些，總之就是試出敵人的弱點屬性。開發團隊也了解這點，所以本作的變化性也都建立在「魔宴」上。
隨著遊戲進展，玩家就能陸續強化魔宴，例如一次攻擊就會召喚出兩隻惡魔、先制攻擊就先召喚出兩隻惡魔等等。由於這遊戲設計上沒有溫柔到一套打天下，多數時候的戰鬥都是面對弱點不同的敵人的複數組合，就算玩家不願意，魔宴也還是本作戰鬥系統上主要傷害來源。
也或許是因為如此單純，所以本作在難度設計上算是系列中相當簡單的，什麼會反彈物理魔法的敵人等等，就是想辦法用魔宴打倒就好。其次裝備要素也變得單純很多，角色的裝備一部分是固定的，只需要去花錢、花素材來強化基本數值就好。需要更換、更新的只有飾品與惡魔。前者不用多說，就是來強化特定項目的裝備，花錢買來，因應人物能力值分配給需要裝備的人就好。
惡魔的基本用處還是裝備，玩家在探險過程中會遭遇各種惡魔，並透過交涉收為夥伴。每個角色只能裝備一位惡魔，不同惡魔除了提升的能力值不同外，一個角色的弱點屬性、戰鬥中能使用的招式，都會因惡魔不同而改變。除了考慮要練惡魔跟角色等級，還必須留意每個迷宮常駐敵人的屬性才能有效率進展遊戲。但整體來說，玩家要顧慮到的項目其實不多，作為角色扮演來說相當好入門。
不過單純也會有單純的問題，系統是最單純的回合指令式，敵我一回合一回合往來，戰鬥概念就是抓弱點打觸發魔宴。再加上本遊戲的迷宮規模都設計得非常大，明明城鎮據點就一丁點小，玩家可以很快找到店家買賣、接委託、玩惡魔合體等等，但迷宮卻廣大到導致重複的戰鬥只會讓人失去耐心。
剛也提到這遊戲是探索迷宮時「隨機」遭遇敵人，然後玩家再判斷要不要接觸敵人開戰，但因為這遊戲第三人稱視角拉人物拉很近，不少時候很難正確判斷四周，只能從音效判斷周圍是否敵人。而異常廣大的迷宮在抵達要觸發劇情的點前，可能就要東繞西繞上好一段時間，視點不方便、系統單純、戰鬥變化性少，長時間的迷宮探索，反而容易讓玩家越玩越膩。
至於稱之為新要素的「惡魔探索」，說起來就其實是「寶箱」。成為夥伴的惡魔分散在迷宮四處，幫玩家找其他惡魔、寶物、金錢，有時還會幫玩家角色回復 HP 與 MP。也不能說是多有特色的新要素，或許是想讓人覺得，比起冷冰冰的寶箱，惡魔同伴拿寶物給玩家比較有互動感吧。
總結來說，《靈魂駭客 2》的魅力就是建立在色彩鮮豔的科幻美術風格、Atlus 作品獨有的惡魔文化、新鮮的人物設計跟劇本這三者上面。反而作為角色扮演的部份，卻因為設計過於單純，作為角色扮演雖很適合新玩家一試（劇本上也跟其他作品無關，沒特別的包袱），但對於追求變化性或刺激性的玩家來說，倒沒有想像中地耐玩。