雖然第六章的目的是解救人質，但完全沒有時限，因此就算九郎不斷提醒你要快速前進，你依然可以一步一步慢慢來。
第一個場景是大量的小兵戰，還會出現第一章的中頭目：炎魔。不過以玩家武器的升級程度，只要善用旋風手裡劍滅火，相信打倒炎魔只是時間的問題。
這個場景需要不斷的爬上爬下才能前進，在玩家打完炎魔爬上平台後，別急著往下跳，一上平台的左手邊那面窄牆還可以繼續往上爬，上面有一枚氣力碎片。
拿到氣力碎片後繼續前進，會看到一個蟲巢，不把蟲巢打掉就無法前進，這時拿出你的火焰手裡劍吧！只要一發就能輕鬆搞定。
通過蟲巢後，往前走一點會進入劇情，小川劍要單槍匹馬對付受感染的同伴，雖然殺自己同伴是很掙扎的事，但為了讓他們脫離痛苦，也只能這麼做了…
將所有受感染的同伴殺光後，通過狹長的通道，來到第二個場景。這個場景中有兩隻炎魔分佈在入口跟出口兩區，千萬不要跑太快拉到兩隻，各個擊破才是比較好的選擇。
進入第二個場景後，在場景中間二樓的橋上有秘文石，另外在要進出口的狹長通道右手邊有條小路，進入後，生命碎片就放在柱子旁的油桶裡。
接下來一路前進，來到著火的直昇機前，這裡要用飛簷走壁通過，但直昇機的螺旋槳會把玩家從牆上打下來，要順利通過最好依賴超忍力，讓時間緩慢後抓對時機通過。
通過墜毀的直昇機後，來到辦公室，辦公室的角落有一枚生命碎片，務必取得。
接下來打破辦公室的牆壁，一路飛簷走壁到一面破牆前，將破牆打破，裡面有一個徽紋：鬼怪及一枚氣力碎片。拿完徽紋跟氣力碎片後，就可以去打第一支中頭目：狂暴魔蠅了。
狂暴魔蠅的攻擊方式如下：
★ 召喚雷電，擊中地面引發範圍攻擊，有麻痺效果。
★ 蓄力後加速衝刺，撞擊玩家。
★ 落地後發動雷電護罩，同時追加光束砲，這兩招都具麻痺效果。
★ 化成血蠅攻擊玩家。
對付狂暴魔蠅最好的武器就是獵鷹雙刀，按RT+Y使用空中攻擊技就可以無腦打。比較值得注意的是血蠅狀態，這時只要放一發忍術，將一群血蠅燒死，狂暴魔蠅就會再度現身。
打完狂暴魔蠅後，搭電梯上到頂樓，然後別急著進boss房，電梯門口左側的箱子中藏有服裝：月亮，拿了之後就可以準備進行第二場中頭目戰。
第二隻中頭目是在第一章駕駛直昇機的安迪。變異安迪的攻擊方式有：
★ 跳到二樓，施放火球及大火球。
★ 落地後使用隱形攻擊。
一開始安迪會在二樓不斷放火球，玩家必須把火球反彈回去，擊中安迪，安迪才會跳下來。這一戰建議用破岩刀，配合超忍力，大約兩到三回合就可以擊敗安迪。
打贏安迪後，威爾遜大叔會怒氣爆發並使用小川派解繩術跟小川派空手道（爆汗），九郎也因此吃了虧，逃到頂樓的花園去了。追上去進行最終Boss戰吧！
阪本九郎/變異九郎的攻擊模式如下：
★ 影分身之術
★ 使用雷、火兩種忍術
★ 發動影分身進行合擊，進入QTE，失敗的話玩家會受到嚴重傷害。
跟九郎對戰有兩個階段：阪本九郎跟變異九郎。原則上大同小異，差別只在變異九郎的影分身比較多而已，建議用破岩刀進行攻略。在這一戰，超忍力的存量特別重要，因為啟動超忍力可以看出哪個是九郎的真身，只要抓到九郎的真身，就算無腦用破岩刀亂砍都會贏。
戰勝九郎後，會發現九郎因為嫉妒劍，所以自願成為寄生蟲的宿主；且為了殺掉劍，九郎甚至在體內放了炸彈，打算寧可同歸於盡，也要讓劍消失。不過勇者如果在這裡死掉，戲就演不下去了，憑著超忍力跟高超的武術，劍殺掉了九郎，並得知自己父親其實是個臥底…（爆），第六章也在這驚人的事實中劃下句點。
