西元 2004 年──拉昆市灰飛煙滅後過了 6 年──威斯卡親自駕駛船艦，於西班牙的狼谷村莊外監督任務進度。前陣子與研究「普拉加」的路易斯．塞拉取得聯繫後，他便以路易斯的人身安全為交換條件，要路易斯交出「琥珀」，好實現自己的野心。威斯卡派出一名身手不凡的間諜前往接應。
由於路易斯背叛了光明教，因此被丟入瀰漫著屍臭味的大牢裡。就在他跳完最後一支舞、準備為自己的性命奮力一搏時，一名蒙住全身的女人赤手空拳迅速解決了三名邪教徒──來者脫掉偽裝，正是穿著一襲紅色勁裝的艾達。
艾達遞給路易斯一包香菸，問他琥珀在哪裡。路易斯表示他早已把琥珀藏在薩德勒找不到的安全地方。不管情況如何，辦正事要緊──艾達要路易斯帶路，不料卻被邪教徒逮個正著。其中罩著黑袍、狀似昆蟲的巨大怪物，眼神充滿殺意，要置入侵者於死地。
艾達在路易斯的身上裝追蹤器，隨後將他送到安全的地方，並約在教堂碰面。盡管敵眾我寡，艾達仍拿出衝鋒槍應戰，三兩下擊退邪教徒，還朝黑袍怪物猛灌一輪子彈，總算放倒這頭來路不明的怪物。不過作為服侍拉蒙的管家，可不會輕易倒下，甚至用不明寄生物劃過艾達的右肩。過招期間，艾達竟然碰上了幻覺……不僅周遭的一切模糊不清，黑袍怪物也冒出好幾個。好在最後仍靠著火力，暫時擊退難纏的對手。
頭腦恢復清醒後，艾達用無線電向威斯卡報告現況。威斯卡聽完後，不耐煩地表示切勿讓他久等。艾達使用繩索槍飛往高處偵察，發現戒備森嚴，還得小心威力強大的投石機。好在她使用大炮反擊，這才清除了惱人的火焰飛石，之後也靠著繩索槍飛簷走壁，順利逃離。
來到村莊邊緣，艾達發現村民們的活動頻繁，而且還拚上一切阻止她。威斯卡告訴她因為他們正忙著處理美國總統的女兒，再加上還有另一名入侵者，所以動員了所有村民。艾達攀上高處，用望遠鏡看到了六年不見的里昂；而多虧他的「幫忙」，艾達才能輕鬆抵達教堂。艾達本可以不管里昂的死活，但鑑於以前在拉昆市的緣分，她決定幫他一把。艾達敲響了教堂的大鐘，讓那些正追著里昂的村民紛紛放下武器，緩緩移步到教堂，準備聽教主布道。
經過一段時間後，艾達仍沒等到路易斯，威斯卡也告訴艾達路易斯的訊號消失了。艾達只好前往門德斯村長的家，看能不能找到有用的情報。途中，艾達再次被黑袍怪物擋住去路。這一次，黑袍怪物更具攻擊性，不斷猛攻，而且咆哮還讓艾達頭痛欲裂。艾達強忍著不適，冷靜應戰，逐漸佔了上風。然而就在準備用手槍給予致命一擊之際，她卻因欲裂的頭痛而恍神導致失手，這也讓黑袍怪物趁隙逃走。艾達不禁懷疑，她的身體可能出了狀況。
村長家，里昂被高大的門德斯狠狠制伏。艾達從窗外開槍救援，然後飛到屋頂躲過門德斯，待屋裡安全後才進入。從上鎖的抽屜裡發現一紙文件，原來村民將人關押到廢棄工廠的地下室。正當艾達要前往時，卻被門德斯和憤怒的村民圍堵。面對大量敵人，艾達趕緊用繩索槍飛越厚實的金屬門，這才逃過村長的魔爪。
艾達來到廢棄工廠的地下室，找到一包香菸，翻到背面發現一組數字。用無線電輸入數字後，艾達總算聯繫上了路易斯，兩人約在村莊外的大房子碰面。不過首先，艾達得先處理幾個拿電鋸的狂暴村民。安全出來後，艾達忽然渾身難受，而且血管發黑……眼前一片模糊，站也站不穩，就這樣昏倒在地。三位不懷好意的村民緩緩靠近……
艾達從柔軟的床上醒來，看到一旁拿著針筒的威斯卡。窗外一片漆黑且下著雨。威斯卡極度不滿意艾達的表現，直指她毫無用處，要求趕快辦好事情。艾達重整態勢，冒著風雨前往山莊。然而，一頭龐然大物擋住去路，嚴重威脅她的性命。艾達拿出武器應戰，用繩索槍飛往高處，專打巨人背上的白蟲。待巨人重心不穩之際，艾達掏出戰鬥刀，用鋒利的刀刃劃過白蟲，這才放倒危險的巨人。
事情告一段落後，艾達總算又見到了路易斯。不過因為這次也沒拿到琥珀，所以艾達沒有給路易斯好臉色看。兩人又掉頭回去城堡。路易斯戰戰兢兢地說在交給艾達琥珀之前，他有一件必須做的事情。然而艾達認為這只是路易斯的拖延之詞，於是拿出手槍指著路易斯的腦袋，要他好好思考接下來該怎麼說話。路易斯表示，有兩個人他得去救，而且這麼做對艾達也有好處，因為她也被感染了；如果再不治療，很快將一命嗚呼。
雖然艾達不喜歡路易斯討價還價，但畢竟事關自己與里昂的性命，她也只能妥協。艾達與路易斯分頭行動。在尋找製作抑制劑材料的路上，艾達偶然遇到了里昂。盡管里昂被艾達從背後拿槍指著，但身為特務的他可不會乖乖就範，幾招下來逆轉情勢，反將刀架在艾達的脖子上。不過兩人其實都沒有殺心，單純只是因為立場不同而因緣際會來到此地。雖然艾達要里昂別管艾希莉了，但心裡知道眼前這名男人絕不輕言放棄，於是也不攔著里昂，獨自從窗外離開。
穿過層層阻礙與各種要命的機關後，艾達費了九牛二虎之力，總算蒐集好製作抑制劑的三種材料。兩人在城牆上會合。艾達交出材料，路易斯則交出琥珀。然而艾達卻在伸手接琥珀時感到一陣刺痛，而且越來越不舒服。路易斯趕緊調製抑制劑，注入艾達體內。
好景不常，黑袍怪物再次現身，打算一舉抓住兩人。艾達要路易斯拿著琥珀先走一步──況且他還得去救另外兩個人──自己則東躲西藏，並祈禱抑制劑能快點發揮功效，否則黑袍怪物會將她碎屍萬段！好在這時抑制劑發揮藥效，而且她也沒有被發現，於是啟動視網膜掃瞄系統，追蹤路易斯的腳印，穿過被飛蟲佔據又散發惡臭的下水道，乘坐電梯來到了地下挖掘場。至於黑袍怪物，則靜待艾達多時……
這一戰，得有一方死亡才會結束──而艾達可不打算死在這裡。她拿出手榴彈與手槍，確保射出去的每一槍都有擊中。怪物則露出強而有力的致命尾巴，不斷橫掃、緊咬眼前的獵物；而且就算寄生的宿主死了，保有自主意識的尾巴仍然纏著艾達不放。艾達拿出繩索槍與小刀，直接貼近這隻大蜈蚣猛刺，總算幹掉醜陋的異形。失去了主人，艾達體內的寄生蟲也被吐出來，最後被一腳踩碎。
完全康復的艾達繼續前進，然而路易斯這時來訊，告訴她克勞瑟搶走了琥珀，自己也受到致命傷。礙於任務在身，她無法送路易斯最後一程，只能靜靜地從高處看著……艾達加快腳步，殺掉擋路的邪教徒，但仍然慢了一步──克勞瑟開著小艇駛向小島。正當她要開船追趕時，里昂在這時殺到，於是兩人便一同前往。
里昂告訴艾達自從拉昆市事件後，他已經不再是以前的自己，還反問艾達有沒有改變，是不是又想利用他。但艾達沒有正面回答里昂的問題，只是在把船開到目的地後又獨自先走一步，還要里昂別想太多。艾達從狙擊鏡觀察到克勞瑟將琥珀交給了薩德勒。威斯卡在此時出現，還拿槍指著艾達，交給她一項新指示──當然也可以拒絕，只不過場面會很難看。艾達不情願地接受，拎起公事包往下跳，前往通訊設施。
抵達主建築時，里昂正好找到了艾希莉。里昂問艾達可以除掉普拉加的實驗室在哪，艾達替他指路，並告訴里昂他欠了個人情。穿過崩踏的瓦礫時，一隻堅不可摧的馬提尼科出現在艾達後面。由於一般武器無法對牠造成傷害，艾達只能逃跑。來到控制室，艾達將公事包裡的資料輸入終端機，結果意外得知威斯卡要炸掉整座小島──連同里昂與艾希莉。不過艾達也有自己的原則，不會什麼事都聽威斯卡。
離開的路上，前有致命雷射，後有馬提尼科……艾達只能咬緊牙關往前衝。好在她的身手矯捷，避開無數雷射，最後也用繩索槍順利躲過──馬提尼科則被大卸八塊。辦完額外的任務，現在就是從薩德勒的手裡奪回琥珀。洞穴裡，薩德勒正在舉辦儀式，打算「接管」里昂。艾達從高處持衝鋒槍掃射，讓恢復自由的里昂抱走艾希莉，自己則留下來對付邪教頭子。
薩德勒的身上長出無數觸手，攻擊毫不停歇。艾達用小刀抵擋，再用槍持續射擊；同時利用洞穴裡的天然屏障左閃右躲。最後她抓到機會，拿起刀衝過去，給薩德勒致命一擊！薩德勒痛苦地倒下，艾達則搶過琥珀，總算完成任務。未料，沒死的薩德勒從背後偷襲艾達，還把她吊起來，以此釣出里昂。
里昂在幫艾達解開束縛後，兩人聯手攻擊變異後的薩德勒。在憤怒的醜陋怪物面前，里昂正面迎戰，艾達則飛往高處尋找強力武器。最終，她找到了一把可以貫穿厚重裝甲的特殊火箭發射器，隨後丟給里昂，讓他能一勞永逸地解決薩德勒。
艾達拿走琥珀，踏上撤離直昇機。臨走前她把水上摩托車的鑰匙丟給里昂，讓他能在小島被炸毀前即時逃離。直昇機上，威斯卡告訴艾達等到琥珀到手，幾十億人將殞命。雖然只是拿錢辦事，但艾達也開始懷疑這樣做究竟是不是正確的？於是強迫駕駛員改道，帶著琥珀離開。不過，艾達出乎意料的舉動，並不影響威斯卡的計劃……
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