本篇介紹針對沒玩過1代或想更深入瞭解2代劇情的玩家。
《超級英雄:武力對決》1代有穿越平行世界的情況,兩個世界各有劇情,很多英雄也都有2個,故事很容易讓人看得一頭霧水。
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由於是為了接續2代,因此這邊就只簡單介紹主世界發生的故事:
小丑發動了連環陰謀,讓超人意外的殺害自己有身孕的妻子加上毀滅大都會。
這件事讓超人陷入了深深的自責當中,並且不顧一切地殺死了小丑。
絕望的超人認為,要保護全世界的人類,就必須殺光所有邪惡之人。
蝙蝠俠站在維護人類自由的立場,堅持不可濫殺,罪犯必須經過司法審判。
在超人強大的力量之下,整個世界便陷入了他的專制掌控,大多數的超級英雄也加入他的陣營。
由於超人陣營都是決定毫不留情的殺死敵人,因此在衝突之中也造成許多人物死去。
主世界的蝙蝠俠無力抵抗,只好從平行世界把正義聯盟成員傳送過來幫忙。
最後成功打敗了這位抓狂的超人,追隨超人專制的其他人物有的被關、有的逃走。
注意,以下有2代劇情暴雷!
2代劇情中不再有1代的穿越要素,故事完全在主世界中發生。
除了原本的主角超人跟蝙蝠俠以外,這代新的故事焦點在超人的堂姐 Kara,也就是 Supergirl 身上。

故事開頭回到氪星被魔神腦毀滅的時候,當時已經是少女的 Kara 跟還在襁褓中的超人被放在太空船裡面撤離。
為了應對長途太空旅行,太空船有著冷凍機制,在旅程中的冷凍睡眠狀態是不會變老的。
但是 Kara 的太空船在離開氪星的時候意外被擊中,嚴重偏離航道,慢了幾十年才抵達地球。
因此雖然 Kara 是堂姐,但外表卻是比超人年輕的少女模樣。
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Kara 來到地球時被銷聲匿跡的神力女超人和黑亞當發現,並帶回他們的基地 Kahndaq。
他們想要把 Kara 當成救出超人並重新統治世界的秘密武器,因此禁止她離開有魔法保護,不會被蝙蝠俠發現的 Kahndaq。
接下來,魔神腦的戰艦到達地球,並且開始全面的侵略行動。
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就連蝙蝠俠可以監控全球的作戰裝置「兄弟之眼」也被魔神腦入侵,神力女超人與黑亞當帶著 Kara 趁機展開搶救超人的行動。
就在他們與負責看守超人監獄的藍甲蟲、火風暴雙方對峙時,蝙蝠俠出現並且親手放出超人。
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蝙蝠俠體認到單靠自己這一邊的力量無法對抗強大的魔神腦,便選擇與對方合作。
Kara 也開始發現原來之前神力女超人跟黑亞當沒有對自己說實話,她一直不知道超人被監禁的真正原因。
在合作的過程中,超人一派仍然維持惡人即殺的主張。
神力女超人想要下手殺死豹女的時候被哈莉奎茵阻止,結果她就怒捅了哈莉奎茵一刀。
這也成為壓倒 Kara 的最後一根稻草,她幫哈莉奎茵治傷並與神力女超人開戰。
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親自質問過超人之後,Kara 已經很明顯會走向蝙蝠俠一派,但是眼前的魔神腦仍是第一優先。
靠著超人一派強大英雄們的發揮,鋼骨幫蝙蝠俠奪回了「兄弟之眼」,水行俠與黑亞當用魔法力量聯手擊潰魔神腦戰艦的防護罩,大家終於成功打敗魔神腦。
就在此時兩邊又開戰了,蝙蝠俠主張囚禁魔神腦並且逼他使用他的科技讓所有城市復原。
超人則是主張立刻殺死魔神腦,再由鋼骨慢慢分析他的科技,放棄那些無法復原的城市。
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這邊是主線劇情的分歧,玩家可以選擇要走蝙蝠俠或是超人路線。
超人路線最後會擊敗蝙蝠俠並監禁 Kara,超人殺死魔神腦之後完全掌握魔神腦的科技,並且利用這些科技強行控制不願意服從的蝙蝠俠。
蝙蝠俠路線最後擊敗超人,將他放逐到異次元空間 Phantom Zone,也邀請 Kara 加入正義聯盟。
除了主要路線結局以外,還有每個角色各種各樣的個人故事結局。
由於這些結局都是針對單一角色,而且其中有些與主線劇情出入太大,就不在這裡一一討論。
與前作相同的是,有一部分遊戲中的故事背景會在遊戲之前發行的漫畫中先寫好。
對於沒有發行漫畫的台灣地區玩家來說,直接玩遊戲可能會有些地方看不懂,以下列舉兩點。
哈莉奎茵在遊戲劇情中從頭到尾都對蝙蝠俠忠心耿耿,完全不像我們過去所認識的這個角色。
這一點在前傳漫畫中有特別說明,首先,在前作中,她心目中的英雄小丑被超人所殺,因此她自然會投向反對超人專制的陣營,而在這個陣營中接納她並且率領大家對抗超人的核心人物就是蝙蝠俠。
在戰後她也受到蝙蝠俠的重用,在2代的前傳漫畫中甚至自詡為新任羅賓。

另外就是1代已死的綠箭俠再度出現,還跟黑金絲雀結婚了。
如果只有玩遊戲就會搞不清楚他是從哪來的。
在前傳漫畫中有特別交代平行世界來的綠箭俠愛上了這邊的黑金絲雀,最後選擇留在這裡幫助蝙蝠俠進行戰後重建。

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